实时荧光定量PCR检测硅藻UPA基因在溺死诊断中的研究

• 作者: 刘向东 刘宏 刘超 张书睿 彭帆 徐曲毅 徐际超 李越 胡孙林 胡慧英 谭竹钧 韩雅莉 麦柏盛
• 来源期刊: 中国法医学杂志
• 学科: 政治法律
• 关键词: 法医病理学 溺死 硅藻检验 实时荧光定量PCR UPA
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 124-129
• 页数: 6页
• 分类号: DF795.1
• 字数: 4957字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13618/j.issn.1001-5728.2018.02.003

摘要

目的 建立硅藻UPA条形码基因的实时荧光定量PCR检测方法,探讨其在溺死诊断中的应用价值.方法 对GeneBank中登录的硅藻UPA基因序列进行比对获得同源序列,据其设计硅藻门通用引物.对2种人体常见共生菌(大肠杆菌、双歧杆菌)、3种浮游细菌、15种浮游藻类、32具尸体(其中生前溺水死亡28例,死后抛尸1例,陆地死亡3例)的组织样本(肺、肝、肾)及尸体发现地水样提取DNA,采用设计的引物进行特异性、灵敏度、重复性试验,分析检材中硅藻检出情况,统计硅藻阳性率,以上述组织样本的微波消解-真空抽滤-自动扫描电镜法检测结果对建立的qPCR检测方法进行比较评估,比较该方法与PCR-毛细管电泳检测法的灵敏度.结果 引物UPA99仅对硅藻标准株(针杆藻、舟形藻、直链藻、小环藻、菱形藻)DNA具有扩增,扩增产物熔解曲线平稳,峰尖且窄,熔解温度为(87±1)℃.以pMD18-T重组质粒为标准品,检测区间为1.56×102-1.56×10-5ng/μL,建立实时qPCR方法的灵敏度为1.56×10-5ng/μL,而PCR-CE方法的灵敏度为1.56×10-3ng/μL.批间及批内变异系数均低于2%,具有较高的重复性和稳定性.对于生前溺水尸体肺、肝、肾的检出率依次为89.3%, 71.4%,64.3%.结论 基于硅藻UPA基因设计通用引物,建立的qPCR硅藻检验法特异性高、灵敏度高、重复性好,应用于溺死诊断具有较好的应用前景.