基于RNA-seq数据的生姜NAC转录因子家族鉴定及分析

• 作者: 姜玉松 廖钦洪 李洪雷 邹勇
• 来源期刊: 中国中药杂志
• 关键词: 生姜 NAC转录因子 RNA-seq 基因差异表达
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 分子生药学
• 页码范围: 493-501
• 页数: 9页
• 语种: 中文

摘要

NAC家族是植物特有的转录因子,广泛参与植物生长发育、信号传导和逆境应答等过程.该研究基于生姜RNA-seq数据,利用生物信息学方法对生姜NAC家族成员、亚族分类、理化性质、蛋白质结构和表达模式进行预测和分析,结果显示:在271.1Mb生姜转录组数据中筛选得到72个生姜NAC转录因子,通过进化树分析将其分为13个亚族;不同亚族NAC蛋白质的理化性质,如氨基酸数目、等电点等存在差异,二级结构主要以无规则卷曲为主要构成元件,三级结构相似性较高;23个NAC转录因子在不同土壤湿度及青枯菌Ralstonia solanacearum侵染处理下呈现显著的表达差异,其主要分布在与植物衰老、激素代谢和细胞壁代谢相关的第Ⅻ,ⅩⅤ,Ⅷ亚族.该研究结果为生姜NAC基因家族的研究和利用提供了理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	廖钦洪	重庆文理学院特色植物研究院	6	56	4.0	6.0
3	邹勇	重庆文理学院特色植物研究院	6	10	2.0	3.0
4	姜玉松	重庆文理学院特色植物研究院	13	20	3.0	4.0
8	李洪雷	重庆文理学院特色植物研究院	4	7	2.0	2.0