越橘反转录转座子插入多态性分子标记开发及品种鉴别

• 作者: 吴志娟 宗宇 方茜 李永强 郭卫东 陈文荣
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 越橘 反转录转座子 分子标记 亲缘关系 品种鉴别
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 753-763
• 页数: 11页
• 分类号: S663.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2017-0563

摘要

从蔓越橘(Vaccinium macrocarpon Ait.)品种'Ben Lear'基因组序列中发掘了398 014 bp的长末端重复序列反转录转座子(LTR-RT),占整个基因组序列的11.17％;鉴别出228条Ty1-Copia家族成员和137条Ty3-Gypsy家族成员.以45个越橘(Vaccinium spp.)品种和1个蔓越橘品种为材料,从53对基于LTR-RT插入位点开发的引物中筛选出17对多态性引物,建立了越橘品种的LTR-RT插入多态性(RBIP)分子标记.使用RBIP标记对46个品种进行了亲缘关系分析和分子身份证构建,其中多态性最高的位点是Vmrg1,最低的位点是Vmrg14.其PCR产物的大小变化范围为200 ～ 463 bp,最小长度片段和最大长度片段分别出现在位点Vmrc19和Vmrc3.46个品种基于遗传距离聚为6组,组Ⅰ包括3个北高丛越橘品种,蔓越橘单独聚为组Ⅵ,其他4组中北高丛越橘、南高丛越橘或兔眼越橘混杂在一起.利用17个位点组成的"1"、"0"字符串构建了45份越橘品种和1份蔓越橘品种的唯一分子身份证,为越橘品种的鉴别提供了参考.