生物信息学方法筛选原发性肝癌早期诊断相关miRNA

• 作者: 聂青和 赵西太
• 来源期刊: 胃肠病学和肝病学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 生物信息学 原发性肝癌 早期诊断 微小RNA
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 论著·肝癌
• 页码范围: 609-612
• 页数: 4页
• 分类号: R735.7
• 字数: 3662字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-5709.2018.06.003

摘要

目的 生物信息学方法筛选miRNA用于原发性肝癌的早期诊断.方法 从肿瘤基因组数据库TCGA下载原发性肝癌组织miRNA表达情况数据,成组t检验进行miRNA表达水平的比较,获得表达水平差异2倍以上的miRNA.靶点预测工具miRWalk 2.0分析上述miRNA的靶基因,c-Bioportal数据库获取原发性肝癌常见突变基因,miRNA靶基因中含有肝癌突变基因者定为备选,结合文献报道确定目标miRNA.结果 TCGA数据包含原发性肝癌组织372例,正常对照肝组织50例,共有1 881条miRNA序列,肝癌组织中表达升高至2倍以上的miRNA有41个,降低至1/2以下的miRNA有115个. c-Bioportal数据库获得原发性肝癌突变基因68个(发生率>5% ).结论 基于TCGA数据库的生物信息学方法可简便而可靠地筛选目标miRNA进行后续研究,有较高的推广价值.