DNA聚合酶对PacBio SMRT测序结果影响的评价

• 作者: 侯强川 孙志宏 张和平 徐海燕 王彦杰 马慧敏
• 来源期刊: 中国微生态学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: DNA聚合酶 PacBio SMRT测序技术 肠道微生物
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 93-99
• 页数: 7页
• 分类号: Q93.332
• 语种: 中文
• DOI: 10.13381/j.cnki.cjm.201801024

摘要

目的 评估不同DNA聚合酶是否会对以16S rRNA全长为测序靶点的肠道微生物多样性研究结果产生影响.方法 用美国太平洋公司的三代测序仪(PacBio single molecule real-time sequencing technology)对3份分别采用KAPA HiFiTM HotStartDNA聚合酶和PCRBIO HotStart DNA聚合酶扩增的军犬粪便样品进行精确至“种”水平的测序分析.结果 经配对Mann-WhitneyU检验显示,不同DNA聚合酶扩增的同一样品在门、属和种水平上差异无统计学意义(P＞0.05),然而在某些相对含量较少的操作分类单元(OTU)上,其扩增效率存在差异.经基于非加权UniFrac距离的非加权组平均法聚类分析和基于加权UniFrac距离的非参数多元方差分析发现不同DNA聚合酶扩增的同一样品其多样性差异无统计学意义(P＞0.05).结论 KAPA HiFiTM HotStart DNA聚合酶和PCRBIO HotStart DNA聚合酶虽对模板DNA扩增存在一定的偏好性,但该偏好性不影响PaeBio SMRT测序结果.