软件实验DNA k-mer index四字链表字典树检索算法

• 作者: 于立君 张旭 王辉 高菁 魏智红
• 来源期刊: 实验室科学
• 学科: 工学
• 关键词: k-mer问题 四字字典树 索引链表
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 计算机应用
• 页码范围: 81-84
• 页数: 4页
• 分类号: TP311
• 字数: 4167字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-4305.2018.01.022

摘要

针对软件实验中常涉及到的DNA碱基序列k-mer问题,提出一种基于四字链表字典树的快速检索算法.根据不同的k值建立深度为k的四字字典树,最大程度地避免字符串中重复公共前缀而造成的空间浪费,压缩内存消耗,降低空间复杂度;以叶子节点作为k-mer结束标志建立索引查询链表,并输出k-mer的所有序列号与位置号,最终完成DNA序列k-mer问题的建立索引与快速查找任务.实验表明,该算法具有很高的查找效率,且可以减少查询时间,能够高效解决DNA序列的k-mer index问题.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王辉	哈尔滨工程大学自动化学院	135	1039	19.0	25.0
2	于立君	哈尔滨工程大学自动化学院	77	265	9.0	11.0
3	张旭	哈尔滨工程大学自动化学院	40	170	7.0	10.0
4	高菁	哈尔滨工程大学自动化学院	2	4	1.0	2.0
5	魏智红	哈尔滨工程大学自动化学院	1	0	0.0	0.0