基于拓扑势加权的动态PPI网络复合物挖掘方法

• 作者: 郭玲 雷秀娟 高银
• 来源期刊: 电子学报
• 学科: 工学
• 关键词: 蛋白质相互作用网络 拓扑势 马尔科夫聚类
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 学术论文
• 页码范围: 145-151
• 页数: 7页
• 分类号: TP301.6
• 字数: 7010字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0372-2112.2018.01.020

摘要

从动态蛋白质相互作用(PPI)网络中挖掘蛋白质复合物是当前复合物挖掘研究的一个热点,但是目前大都采用未加权网络进行聚类分析,由于不能准确地描述网络的拓扑特性,因此其正确率不高.鉴于此,本文提出采用拓扑势场的方法来构造加权网络,网络中的每一个蛋白质都被视作一个物理粒子,在它周围存在一个虚拟的作用场,由此网络中所有蛋白质的相互作用联合形成一个拓扑势场,文中定义了结点间的拓扑势的概念,并以此来构造加权网络,之后采用马尔科夫聚类算法在DIP数据和Krogan数据上进行复合物挖掘.与其它经典算法相比,该方法的preci-sion和f-measure值较高,能更好地识别蛋白质复合物.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	雷秀娟	陕西师范大学计算机科学学院	43	470	12.0	19.0
2	郭玲	陕西师范大学生命科学学院	25	112	6.0	9.0
3	高银	陕西师范大学计算机科学学院	1	7	1.0	1.0