静宁鸡PPARα基因克隆与生物信息学分析

• 作者: 扎西英派 李玉 杨妍梅 熊杰 蒋刘芽 覃圣 赵金潭 陆晓东 陈伟基
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 静宁鸡 过氧化物酶体增殖剂激活受体 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 畜牧兽医·水产养殖
• 页码范围: 370-377
• 页数: 8页
• 分类号: Q785
• 字数: 3879字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2019.02.018

摘要

为阐明静宁鸡PPARα基因的结构及功能,根据NCBI上登录的原鸡PPARα基因的CDS序列设计引物,以静宁鸡肾脏为材料采用PCR的方法,对目的基因进行克隆,并测序.根据测序的结果,采用各类分析软件,对所获得的DNA片段进行生物信息学分析.结果成功克隆了静宁鸡PPARα基因的全长CDS序列.生物信息学分析结果表明,该基因CDS全长1407 bp,所编码的蛋白质包含468个氨基酸.其分子量为52300,等电点为5.85.在二级和三级结构上,α-螺旋和无规则卷曲为蛋白的主要结构形式.PPARα蛋白是一个亲水性蛋白质,不存在跨膜区域,不含信号肽,没有N-糖基化位点,但存在16个O-糖基化位点,存在25个丝氨酸(Ser)磷酸化位点、12个苏氨酸(Thr)磷酸化位点和6个酪氨酸(Tyr)磷酸化位点.静宁鸡PPARα蛋白在第100～168个氨基酸之间有1个ZnF C4结构域,在第264～449个氨基酸之间有1个HOLI结构域.同源性分析结果表明,静宁鸡PPARα基因与原鸡的亲缘关系最近.静宁鸡PPARα基因的成功克隆和功能预测为进一步研究PPARα基因在静宁鸡脂肪代谢中的作用提供了基础.