先天性小耳畸形致病基因的生物信息学分析

• 作者: 张晔 李川 杨美蓉 潘博 王长琛
• 来源期刊: 中华整形外科杂志
• 关键词: 先天性小耳畸形 生物信息学 蛋白-蛋白相互作用
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 整形与再造
• 页码范围: 154-161
• 页数: 8页
• 字数: 5907字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1009-4598.2019.02.011

摘要

目的 通过生物信息学方法对先天性小耳畸形可疑致病基因进行详细地功能注释分类,构建蛋白相互联系(protein-protein interaction,PPI)网络,以明确致病基因的功能和相互作用关系,预测潜在的致病基因.方法 (1)利用小鼠基因组信息学(MGI)数据库检索先天性小耳畸形致病基因,将结果汇总输入STRING数据库构建PPI网络,进行基因本体(Gene ontology,GO)富集分析、KEGG通路分析.结果 (1)通过MGI检索获得FGF8、EYA1、HOXA2等68个小耳畸形致病基因.(2)PPI互作网络包含65个节点蛋白和174条互作连线,平均节点度是5.35,集聚系数是0.437,PPI富集P值为0.(3)PPI网络中初步筛选关键节点蛋白,前10项依次为CTNNB1、FGF8、EGFR、BCL2、PAX6、FGF3、FGF10、WNT5A、FGFR1和MAPK1.(4)GO分析和KEGG通路分析显示:致病基因参与耳形态发生、耳发育、胚胎器官形态发生等生物过程;参与结合序列特异性DNA、结合调节区域DNA等分子功能;不同基因表达的产物位于细胞核、细胞器腔等亚显微细胞组件;致病基因参与癌症通路、黑色素瘤等疾病、MAPK、RAS等信号通路途径.结论 通过生物信息学工具,构建了先天性小耳畸形致病基因的PPI网络,以及详细的GO、KEGG富集分析数据,关键节点中包含了已被证实的先天性小耳畸形致病基因,初步证明本研究使用生物信息学方法的可行性;部分节点与FGF、WNT等联系密切,可能为先天性小耳畸形潜在的突变基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李川	中国医学科学院北京协和医学院整形外科医院整形七科	8	15	3.0	3.0
2	潘博	中国医学科学院北京协和医学院整形外科医院整形七科	69	395	12.0	15.0
3	张晔	中国医学科学院北京协和医学院整形外科医院整形七科	16	41	4.0	6.0
4	杨美蓉	中国医学科学院北京协和医学院整形外科医院整形七科	7	11	2.0	3.0
5	王长琛	中国医学科学院北京协和医学院整形外科医院整形七科	5	6	2.0	2.0