中国荷斯坦牛TLR1基因SNPs快速筛查及蛋白功能预测

• 作者: 任稳稳 刘丽霞 吴恩芸 张丽 曹忻 李耀东
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 中国荷斯坦牛 TLR1基因 单核苷酸多态性 蛋白质功能预测
• 年，卷（期）: 2019,（10）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 1940-1948
• 页数: 9页
• 字数: 6289字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11869/j.issn.100-8551.2019.10.1940

摘要

为探究中国荷斯坦牛Toll样受体1(TLR1)基因与中国荷斯坦牛乳房炎抗性的关联性,以中国荷斯坦牛为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增和直接测序法对中国荷斯坦牛TLR1基因进行单核苷酸多态性(SNP)检测,从而筛选出对中国荷斯坦牛免疫方面有显著影响的SNPs位点,同时应用在线软件对中国荷斯坦牛TLR.基因编码的蛋白质进行功能预测.结果 表明,中国荷斯坦牛TLR1基因编码727个氨基酸,组成了一种不稳定的水溶性蛋白,蛋白质二、三级结构均以α-螺旋为主;PCR扩增后,在扩增片段处共发现8个SNPs位点,分别为A61T-TLR1、C632 A-TLR1、C1408T-TLR1、C1451 T-TLR1、A1461 G-TLR1、A1475 C-TLR1、G1550A-TLR1、G1596A-TLR1,其中A61 T-TLR1、C632 A-TLR1、C1408 T-TLR1、A1461 G-TLR1、G1596A-TLR1属错义突变,分别由原来的赖氨酸(Lys)、苯丙氨酸(Phe)、丙氨酸(Ala)、异亮氨酸(Ile)、缬氨酸(Val)突变为甲硫氨酸(Met)、亮氨酸(Leu)、缬氨酸(Val)、缬氨酸(Val)、异亮氨酸(Ile),SNPs位点的等位基因频率在突变前后均存在差异.DNA池结合直接测序技术检测到TLR1基因8个SNPs位点,可作为中国荷斯坦牛乳房炎的遗传标记进行深入研究;蛋白质功能预测结果表明,有多种与免疫相关的因子几率较高.本研究结果为中国荷斯坦牛在分子领域的抗病育种提供了理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘丽霞	西北民族大学生命科学与工程学院	60	132	6.0	9.0
2	张丽	西北民族大学生命科学与工程学院	53	105	5.0	6.0
3	曹忻	西北民族大学生命科学与工程学院	28	73	5.0	7.0
4	吴恩芸	西北民族大学生命科学与工程学院	2	5	2.0	2.0
5	任稳稳	西北民族大学生命科学与工程学院	4	5	2.0	2.0
6	李耀东	西北民族大学生命科学与工程学院	4	3	1.0	1.0