甘蓝型油菜NBS-LRR基因家族的鉴定及密码子偏好性分析

• 作者: 于滢 冯书燕 宋小明 崔春琳 张伟萌 李强 李苗苗 王丽霞 王彤 聂付磊 陈辉龙
• 来源期刊: 中国油料作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甘蓝型油菜 NBS-LRR基因家族 系统进化 染色体定位 共线性 密码子偏好性
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 858-868
• 页数: 11页
• 分类号: S565.4|Q751
• 字数: 6331字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19802/j.issn.1007-9084.2019017

摘要

NBS-LRR(nucleotide binding site and leucine rich repeat)是庞大且复杂的基因家族,对植物的抗病性具有非常重要的作用.为深入了解甘蓝型油菜NBS-LRR基因家族,合理开发利用基因资源,对甘蓝型油菜(Brassica napus L.)及相关物种的NBS-LRR基因进行了生物信息学分析,包括基因家族鉴定、系统进化分析、保守基序、基因结构、染色体定位以及密码子偏好性分析等.以拟南芥为参考,在甘蓝型油菜中鉴定到463个NBS-LRR基因家族成员,根据结构域将其分成TIR-NBS-LRR和CC-NBS-LRR两类,再分别细分为4和8个亚组.19条染色体均有NBS-LRR基因,其中ChrC09上分布最多,达到53个;NBS-LRR基因以基因簇形式存在居多,可推测抗病基因NBS-LRR发生了大规模片段复制.分析5个物种(甘蓝、白菜、甘蓝型油菜、水稻和拟南芥)的NBS-LRR家族基因密码子偏好性,结果发现,甘蓝型油菜抗病基因有效密码子数范围与甘蓝(B.oleracea L.)更加相近.然后进一步对甘蓝型油菜和白菜(B.rapa L.)与甘蓝的共线直系同源关系进行偏好性分析,并获得相同发现,推测甘蓝型油菜可能和甘蓝在抗病基因密码子的使用偏好上更为相似.