转录组测序分析FOXD3基因对胃癌细胞调控的分子机制

• 作者: 侯晓琳 崔梅花 李静 韩强
• 来源期刊: 胃肠病学和肝病学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: FOXD3基因 转录组测序 胃癌 差异表达基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（10）
• 所属期刊栏目: 论著·胃癌
• 页码范围: 1102-1108
• 页数: 7页
• 分类号: R735.2
• 字数: 3852字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-5709.2019.10.003

摘要

目的 探讨FOXD3在胃癌细胞中可能调控的基因,阐明其在胃癌发生、发展过程中的可能机制.方法 通过慢病毒感染技术建立FOXD3基因过表达MKN45细胞系及对照组MKN45细胞系,利用转录组测序技术检测两组细胞的基因表达谱,通过生物信息学方法比较两组细胞间的差异表达基因(DEGs),分析DEGs的基因本体论(GO)功能富集及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集情况,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络.结果 FOXD3基因过表达后,筛选出586个DEGs,其中343个DEGs表达上调,243个DEGs表达下调.GO功能富集结果显示,DEGs主要参与正向调控RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、双向调控细胞增殖、细胞黏附、炎症反应等生物学过程.KEGG通路主要富集在PI3K-Akt信号通路、肿瘤相关通路、焦点粘连等.从PPI网络中筛选出前10个靶向基因AGT、BDKRB2、NMUR2、SAA1、CHRM1、ADRA1B、CXCL1、CXCR4、CXCL8、GNAI1,并揭示这些基因参与了G蛋白偶联受体信号通路、神经活性配体-受体相互作用、钙离子信号通路、趋化因子信号通路等重要途径.结论 本研究一定程度上揭示了FOXD3基因可介导多个靶向基因,影响多条通路及生物学过程参与胃癌的发生、发展的可能分子机制,但仍需进一步进行研究验证.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李静	北京大学航天临床医学院消化科	137	856	15.0	24.0
2	崔梅花	北京大学航天临床医学院消化科	19	137	7.0	11.0
3	侯晓琳	北京大学航天临床医学院消化科	11	21	2.0	4.0
4	韩强	北京大学航天临床医学院消化科	1	0	0.0	0.0