基于线粒体COⅠ基因序列的掌肢新米虾7个自然群体遗传多样性分析

• 作者: 郑小壮 郭照良 陈文坚 陈清华
• 来源期刊: 湖南农业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 掌肢新米虾 自然群体 COⅠ基因 遗传多样性 遗传结构
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产
• 页码范围: 522-528
• 页数: 7页
• 分类号: S917.4
• 字数: 4503字
• 语种: 中文

摘要

采用DNA条形码技术,对采自广东清远、惠州、韶关、广州与广西河池、南宁、崇左的7个掌肢新米虾(Neocaridina palmata)野生群体的97个样本的线粒体COⅠ基因片段进行PCR扩增和测序分析,研究掌肢新米虾自然群体的遗传多样性及遗传结构.结果表明:掌肢新米虾在624 bp的COⅠ基因序列中A、T、C、G碱基的平均含量分别为26.98％、33.17％、20.99％、18.85％,AT含量(60.15％)高于CG含量(39.84％),表现出较强的AT偏倚性;基于COⅠ基因序列的总群体中共检测到4个核苷酸变异位点,定义了5种单倍型,平均核苷酸差异数(K)、单倍型多样性指数(Hd)以及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.611、(0.557±0.025)、(0.00098±0.00007),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性;7个自然群体的群体内遗传距离为0.000～0.001,群体间的遗传距离为0.000～0.002;分子方差分析(AMOVA)和遗传分化系数(Fst)结果揭示,掌肢新米虾的遗传变异主要来自于群体间;中性检验和核苷酸错配分布表明,掌肢新米虾7个自然群体遵循群体扩张模式,发生了历史扩张事件;系统发育分析显示,广东4群体与广西3群体形成姐妹支,表明不同地理区域具有一定的种群特征,可作为单独的管理单位进行保护,Hap1与Hap4分别是广东4群体与广西3群体和惠州群体的共享单倍型,其余单倍型为各群体所独享.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭照良	佛山科学技术学院生命科学与工程学院	7	23	2.0	4.0
2	郑小壮	佛山科学技术学院生命科学与工程学院	2	0	0.0	0.0
3	陈文坚	佛山科学技术学院生命科学与工程学院	3	1	1.0	1.0
7	陈清华		3	0	0.0	0.0