基于全基因组测序的单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子特征分析

• 作者: 周日辉 朱颖梅 李柏生 林凤 苏乐斌 谭海芳 郭凯华 黎碧坚
• 来源期刊: 中国食品卫生杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 单核细胞增生李斯特菌 毒力岛 全基因组测序
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 522-527
• 页数: 6页
• 分类号: R155
• 语种: 中文
• DOI: 10.13590/j.cjfh.2019.06.004

摘要

目的 了解肇庆市单核细胞增生李斯特菌(以下简称单增李斯特菌)食品分离株的基因组特征、毒力岛的携带情况及遗传多样性.方法 对肇庆市13株单增李斯特菌食品分离株进行全基因组测序,将组装好的contings/Scaffolds上传至在线分析平台Center for Genomic Epidemiology、Rast和VFanalyzer进行基因组注释与毒力因子基因鉴定,并应用基于全基因组测序的单核苷酸多态性分型(wg-SNPs)方法与美国生物技术信息中心(NCBI)上获取的25株国内外单增李斯特菌的基因组进行遗传进化分析.结果 13株单增李斯特菌食品分离株的基因组大小为2.82～3.04 Mb,CG含量为37.9％～38.1％,可分为6个ST型(ST1、ST3、ST8、ST59、ST87、ST101),分属于6个克隆复合群(cc1、CC3、CC8、CC59、CC87、CC101).其中,ST3型菌株均携带LIPI-3毒力岛基因,ST87型菌株均携带完整LIPI-4毒力岛基因.wg-SNPs遗传进化分析显示13株单增李斯特菌食品分离株可分为2个进化分支,其中ST3型菌株位于进化树的根部,与其他ST型菌株进化上存在差异.结论 肇庆市单增李斯特菌食品分离株以高毒力的ST87型和ST3型为流行型,并发现一株同时携带LIPI-1 ～ LIPI-4毒力岛的ST87型菌株,应加强对此类菌株的监测,警惕高毒力菌株在肇庆市引起感染性暴发的风险.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李柏生		53	242	10.0	13.0
2	郭凯华		3	5	1.0	2.0
3	谭海芳		19	68	4.0	7.0
4	林凤		10	61	4.0	7.0
5	朱颖梅		9	32	3.0	5.0
6	苏乐斌		7	29	3.0	5.0
7	黎碧坚		8	19	4.0	4.0
8	周日辉		4	7	1.0	2.0