基于差异可变剪接的德保矮马垂体内体高相关基因的筛选

• 作者: 刘春霞 周欢敏 张焱如 房君 曹俊伟 潘静 邢燕平
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 可变剪接 德保矮马 蒙古马 矮小性状
• 年，卷（期）: 2019,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1410-1422
• 页数: 13页
• 分类号: S821
• 字数: 8701字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2019.08.009

摘要

可变剪接使单个基因产生多个mRNA,从而增强蛋白质的多样性,这与生物的生长发育过程密切相关.在中国丰富的马(Equus caballus)品种资源中,德保矮马和蒙古马具有明显的体高差异.本研究利用与马体尺大小密切相关的垂体组织,经RNA-seq和生物信息学分析,检测出可变剪接事件137 449个,主要以内含子保留(intron retention,IntronR)、可变的3'剪切位点(alternative 3'splice site,A3SS)、可变的5'剪切位点(alternative 5'splice site,A5SS)和外显子跳跃(exon skipping,ES)四种可变剪接类型为主.不同品种、不同生长时期马垂体的差异可变剪接基因共37种,其中,幼年德保矮马与幼年蒙古马的差异可变剪接基因23种,成年德保矮马与成年蒙古马的差异可变剪接基因1种,幼年德保矮马与成年德保矮马的差异可变剪接基因5种,幼年蒙古马与成年蒙古马的差异可变剪接基因8种.而幼年德保矮马垂体中WDR35(WD repeat-containing protein 35 gene)基因的外显子盒(cassette exon)可变剪接和OSBPL6 (oxysterol binding protein like 6)基因的ES可变剪接则被鉴别为影响德保矮马身高矮小的重要因素.此外,在德保矮马和蒙古马幼年至成年的发育阶段的垂体中,CPEB1、TCF12、CCDC28B、KIT、FAM129A、PTPRF、EPHA5、OGDH、USP28、EMID1、ANKHD1、KIDINS220和INF2共13种发生差异可变剪接的基因也被筛选作为马矮小性状的候选基因.上述矮小相关基因为进一步靶向马体高的分子育种提供了基础资料.