应用生物信息学方法筛选结直肠癌关键基因

• 作者: 刘华伟 刘蕾 张峪涵 张彤彤 戴红梅 朱义芳 潘逼然 郭元彪 魏丹凤
• 来源期刊: 国际检验医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 结直肠癌 基因芯片 关键基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（14）
• 所属期刊栏目: 论著·临床研究
• 页码范围: 1721-1725
• 页数: 5页
• 分类号: R735.34
• 字数: 3877字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-4130.2019.14.014

摘要

目的 采用4个芯片数据集来挖掘结直肠癌差异基因,通过基因注释和蛋白相互作用网络构建找到关键基因.方法 下载GEO芯片数据GSE4398、GSE21815、GSE32323、GSE44076,筛选结直肠癌和正常组织间差异表达的基因,采用R3.4.4软件进行数据处理和分析,通过取交集获得候选的差异基因,通过Funrich软件进行基因功能分析,通过String和Cytoscape软件进行基因编码蛋白的相互作用分析.结果 通过差异基因分析并取4个G EO数据集的交集,一共获得430个差异表达基因,其中表达上调的基因277个,表达下调的基因153个.基因富集分析发现,表达上调的基因主要位于细胞核、细胞浆、微管、中心体和细胞外;主要参与纺锤体组装;主要参与调节趋化因子活性,在细胞周期、有丝分裂G1-G1/S期、M-M/G1期、G2/M期、DN A破坏关键节点及D N A复制等信号通路中富集.153个表达下调的基因主要富集在细胞外、参与代谢过程,发挥的分子功能主要是催化活性和配体依赖性核受体活性,下调基因没有富集在某条信号通路上.通过蛋白互作网络初步鉴定了CDK1、CCNB1、TOP2A、MAD2L1、TTK、BUB1B、AURKA、RRM2、UBE2C、ASPM等结直肠癌相关的关键基因.结论 通过基因芯片结合生物信息学方法,发现了结直肠癌相关的关键基因,有助于明确结直肠癌发病的分子机制,这些关键基因也可作为结直肠癌的治疗靶点.