苋菜AtGAI基因密码子偏好性与进化分析

• 作者: 刘生财 彭丽云 王乐 王晓 赖钟雄 赵春丽 陈何 陈家兰
• 来源期刊: 中国农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 苋菜 AtGAI基因 密码子偏好性 进化分析 遗传转化受体
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 页码范围: 10-22
• 页数: 13页
• 分类号: Q943.2|S636.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.11841/j.issn.1007-4333.2019.12.02

摘要

为明确苋菜AtGAI基因密码子的使用特性,采用CodonW、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析苋菜AtGAI基因密码子的偏好性,通过中性绘图、ENc绘图和偏倚分析GAI基因密码子偏好性形成的可能原因.结果 表明:1)苋菜AtGAI基因的有效密码子数(ENc)、密码子适应指数(CAI)和GC含量分别为50.75、0.195和41.91％,表明其密码子偏好性较弱,偏好使用A/T结尾的密码子;2)CDS序列及RSCU聚类分析表明,苋菜AtGAI基因与双子叶植物中石竹目含甜菜色素的植物偏好性最相近;3)密码子碱基成分和相关性分析发现,GAI基因的密码子偏好性主要受碱基突变的影响;4)密码子使用频率比较分析发现,酵母真核表达系统更适合苋菜AtGAI异源表达,模式植物拟南芥、烟草、番茄和甜菜均可做为苋菜AtGAI基因的遗传转化受体,其中甜菜是其最理想的遗传转化受体.突变压力是GAI基因密码子偏好性形成的主要因素,苋菜AtGAI基因外源表达和遗传转化时需要根据宿主基因偏好性进行密码子优化和改造.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赖钟雄	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	473	4127	31.0	41.0
2	王晓	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	18	18	3.0	3.0
3	赵春丽	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	9	17	4.0	4.0
4	彭丽云	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	12	14	3.0	3.0
5	陈家兰	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	2	0	0.0	0.0
6	王乐	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	1	0	0.0	0.0
7	陈何	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	1	0	0.0	0.0