120日龄隐性白羽洛克鸡RNA-Seq及SNP分析

• 作者: 张细权 李金明 林哲敏 邢增杨 邱峰芳 顾丽红
• 来源期刊: 黑龙江畜牧兽医（上半月）
• 学科: 农学
• 关键词: 隐性白羽洛克鸡 RNA测序 可变剪接 单核苷酸多态性 新转录本 基因结构
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 所属期刊栏目: 试验研究
• 页码范围: 18-24,29
• 页数: 8页
• 分类号: S831.8|Q78
• 语种: 中文
• DOI: 10.13881/j.cnki.hljxmsy.2019.01.0465

摘要

为了深入挖掘隐性白羽洛克鸡RNA-Seq的数据信息,进一步完善隐性白羽洛克鸡的基因组注释情况,试验采用生物信息学方法对120日龄隐性白羽洛克鸡RNA-Seq的5 082 036 200 bp的高质量序列数据进行了单核苷酸多态性(SNP)查找、可变剪接(AS)筛查、基因结构优化和新转录本预测研究.结果 表明:数据挖掘得到103 926个可靠的SNP位点,29 525个可变剪接,10 403个优化基因,预测到新转录本798个.说明该研究结果能够进一步完善隐性白羽洛克鸡基因组注释情况,并可丰富其SNP数据和可变剪切数据.