基于生物信息学分析筛选参与IgA肾病的关键基因和通路

• 作者: 张伟光 张敏 徐晨 李典耕 李新 赵素梅 邱强 金美玲
• 来源期刊: 山西医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: IgA肾病 生物信息学 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 779-784
• 页数: 6页
• 分类号: R692.6
• 字数: 3508字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13753/j.issn.1007-6611.2019.06.016

摘要

目的 利用生物信息学分析筛选IgA肾病相关差异表达基因,旨在深入了解IgA肾病发生机制. 方法 对基因表达综合数据库(GEO数据库)中的IgA肾病患者和正常对照者的血液(数据编号:GSE73953)和肾脏组织(数据编号:GSE93798)芯片结果进行重新注释和分析,应用Morpheus分别对两个芯片结果进行分析筛选差异表达基因,然后取交集得到共有的差异表达基因.应用DAVID数据库对共有的差异表达基因进行GO和KEGG分析,应用STRING对差异表达基因结果进行蛋白互作分析,应用Cytoscape软件筛选关键基因. 结果 应用Morpheus分析芯片结果得到184个共有的差异表达基因,GO分析结果提示差异表达基因多在细胞外基质形成、细胞外结构形成、细胞凋亡、细胞程序性死亡等生物过程富集,在细胞外成分、细胞外基质蛋白、细胞外空间等细胞组成富集,在细胞功能调节、酶调节活性、大分子复杂结果等分子功能富集.KEGG分析提示差异表达基因在局部粘连、MAPK等通路富集.蛋白互作分析结果提示前10个关键基因,即PTPRC、FN1、PE-CAM1、AGTR1、POSTN、AGT、COL4AI、TP53、CYR61、MGAM.Cytoscape的MCODE分析结果提示最显著的差异表达基因主要富集于肾素-血管紧张素系统等通路. 结论 细胞外基质形成、局部粘连、MAPK等通路可能参与IgA肾病发生发展过程,PTPRC等关键基因及肾素-血管紧张素通路可能是IgA肾病的关键基因/通路,这将为IgA肾病机制的进一步研究提供方向.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐晨	首都医科大学附属北京朝阳医院肾内科	11	17	3.0	3.0
2	赵素梅	首都医科大学附属北京朝阳医院肾内科	32	335	11.0	17.0
3	张敏	首都医科大学附属北京朝阳医院肾内科	83	368	10.0	14.0
4	李新	首都医科大学附属北京朝阳医院肾内科	47	137	7.0	10.0
5	张伟光	解放军总医院肾科	5	18	2.0	4.0
6	邱强	首都医科大学附属北京朝阳医院肾内科	3	0	0.0	0.0
7	金美玲	首都医科大学附属北京朝阳医院肾内科	1	0	0.0	0.0
8	李典耕	解放军总医院肾科	2	7	1.0	2.0