金铁锁叶绿体基因组序列及其系统发育分析

• 作者: 刘莹莹 李国栋 杨从卫 钱子刚 高亚芳
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 金铁锁 叶绿体基因组 石竹科 系统发育 长萼瞿麦
• 年，卷（期）: 2019,（22）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 5532-5536
• 页数: 5页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2019.22.022

摘要

目的 解析金铁锁叶绿体基因组结构和确定其在石竹科的系统位置.方法 基于二代测序技术Illumina Hiseq平台,对金铁锁叶绿体基因组进行测序,使用生物信息学分析软件进行组装和注释,并以苋科植物千穗谷为外类群,通过RAxML82.11软件构建ML系统发育树,分析石竹科属间的亲缘关系.结果 金铁锁叶绿体基因组总长为 153 977 bp.LSC和SSC区被2个反向重复区域IRs隔开,其大小分别为84385、17526、26033 bp.除去重复后,共编码109个基因,包含75个PCGs,30个tRNA和4个rRNA基因.总的CG含量为36.5％,IR区(42.4％)GC含量明显高于LSC(342％)和SSC(30.1％)区.在系统进化树中,金铁锁与长萼瞿麦互为姊妹类群,且各节点的支持率较高,能够清晰反映属间的亲缘关系.结论 本研究对金铁锁叶绿体基因组结构进行了解析,并探讨了石竹科属间系统发育关系,为金铁锁种质资源综合评价、系统进化等研究提供有效的科学数据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	钱子刚	云南中医学院中药学院	63	520	14.0	19.0
2	刘莹莹		16	29	3.0	4.0
3	高亚芳	云南中医学院中药学院	3	6	1.0	2.0
4	杨从卫	云南中医学院中药学院	1	1	1.0	1.0
5	李国栋	云南中医学院中药学院	17	23	3.0	4.0