广东省新型冠状病毒全基因组序列测定及其影响因素分析

• 作者: 刘哲 宋颖超 庄雪 庾健祥 李振翠 李柏生 梁丽君 武婕 邹丽容 郭前方
• 来源期刊: 中华微生物学和免疫学杂志
• 关键词: 新型冠状病毒 二代测序 影响因素
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 新型冠状病毒专题
• 页码范围: 174-177
• 页数: 4页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn112309-20191104-00364

摘要

目的 对呼吸道标本中新型冠状病毒进行二代测序(NGS),获取基因组序列并分析测序影响因素.方法 2020年1月,收集广东省新型冠状病毒感染病例的上呼吸道和下呼吸道标本共计8份,运用RNA建库的方法进行测序,获得新型冠状病毒的基因组序列,采用生物信息学软件包(CLC Genomics Workbench 12.0)对基因组序列进行分析比较.结果 从8例呼吸道标本中获得5个新型冠状病毒基因组序列,其中2份来自下呼吸道标本.与新冠病毒的核苷酸同源性为97.74％～99.90％.Ct值低的样本,测序深度、覆盖度和相对丰度高.结论 标本中新型冠状病毒的Ct值低,测序质量好.