甜瓜ADF7基因的克隆与生物信息学分析

• 作者: 何明 刘石磊 吕艳玲 张丽丽 张家旺 汪澈 闫大波
• 来源期刊: 沈阳农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 肌动蛋白解聚因子 CmADF7 甜瓜 克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 417-424
• 页数: 8页
• 分类号: S652
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-1700.2020.04.005

摘要

肌动蛋白解聚因子(actin-depolymerizing factors,ADFs)通过剪切和解聚微丝来调控微丝组织和动态,被认为是肌动蛋白变化的重要调控因子.通过RT-PCR方法扩增得到甜瓜ADF7(CmADF7)基因序列,进行生物信息学分析和组织表达分析.结果表明CmADF7基因的开放阅读框(ORF)为414 bp,编码137个氨基酸,蛋白质理论分子量15.82102 kD,等电点5.32.生物信息学预测该蛋白是不具有跨膜结构的疏水性蛋白,亚细胞定位于细胞质中.基因结构分析显示CmADF7包含3个外显子,2个内含子,其中第1位外显子仅包含起始密码子ATG.结构域分析表明CmADF7具有高度保守的ADF-H结构域,其氨基酸序列为12～137位.同源性与系统进化分析证明CmADF7与同属葫芦科的西瓜的同源ADF亲缘关系较近.利用qRT-PCR分析发现CmADF7基因主要在花中表达,其他组织中检测虽有表达,但表达量都很低.序列分析表明,CmADF7启动子上存在一些参与光响应、胁迫应答及激素调节等相关顺式作用元件.新的甜瓜ADF蛋白结构和组织表达研究,将为进一步探索CmADF7蛋白功能和发掘其他CmADFs奠定基础.