2019年云南省昆明市2株柯萨奇病毒A4毒株全基因序列分析

• 作者: 丛山日 许丹菡 张名 冯昌增 黄小琴 孙浩 杨昭庆 马绍辉
• 来源期刊: 中国病毒病杂志
• 关键词: 柯萨奇病毒A组4型(CV-A4) 手足口病 全基因组 肠道病毒 进化分析 遗传特性
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 论著|Original Articles
• 页码范围: 439-444
• 页数: 6页
• 分类号: R373.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.16505/j.2095-0136.2020.0074

摘要

目的 对2019年云南昆明地区手足口病患者的粪便进行病毒分离并对毒株进行全基因组序列测定和遗传特性分析.方法 利用人类横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma,RD)进行病毒分离,提取病毒的RNA序列进行逆转录聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)并测序,利用MEGA 6.06、Simplot3.5.1和Geneious9.1.4等软件对毒株的全基因组序列进行分析.结果 KR3/YN/CHN/2019(简称KR3)和KR110/YN/CHN/2019(简称KR110)分离株经测序比对为柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A,CV-A4),全基因序列长度分别为7 434个核苷酸和7 436个核苷酸,编码2 201个氨基酸;全基因核苷酸一致性及氨基酸同源性分别为92.4％和98.4％.2株CV-A4云南分离株与大多数中国流行株在同一分支,均属于C2亚型.结论 KR3和KR110分离株为CV-A4,与中国CV-A4流行株一致,同属于C2亚型.