黄瓜CsHSP20基因克隆和生物信息学分析

• 作者: 单宝成 周秀艳 张君鸣 秦智伟 辛明
• 来源期刊: 东北农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 黄瓜 杂种优势 CsHSP20 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（9）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 26-33
• 页数: 8页
• 分类号: S642.2
• 语种: 中文

摘要

以5个黄瓜自交系为亲本,按照同亲回归方法,将"D0708-2"作为共同父本,分别与其他4个自交系"D1101-1-2、D0528-2、D1104-2-4和D1158-2"杂交,以黄瓜产量杂种优势显著组合"D1104-2-4×D0708-2"为试验材料,通过转录组测序筛选得到在亲本和F1代差异表达基因克隆.通过生物信息学分析,获得黄瓜HSP基因全长CDS,分析该基因编码蛋白理化性质、鉴定亲水性与疏水性、亚细胞定位、预测蛋白质结构和比对系统进化树.结果 表明,该基因编码区全长1820 bp,编码212个氨基酸,编码蛋白属于alpha-crystallin-Hsps_p23-like super-family,属于亲水蛋白,亚细胞定位于线粒体中,不存在明显信号肽且不具有跨膜结构.与南瓜亲缘关系最为接近,属于一个分支.根据其编码蛋白将该基因命名为CsHSP20.结果 为进一步开展CsHSP20基因功能及其在黄瓜杂种优势中作用研究奠定基础.