油棕WRKY转录因子的全基因组鉴定与分析

• 作者: 周丽霞 曹红星
• 来源期刊: 广西植物
• 学科: 生物学
• 关键词: 油棕 基因组 WRKY转录因子 生物信息学 表达分析
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 遗传与育种
• 页码范围: 977-987
• 页数: 11页
• 分类号: Q943
• 字数: 3833字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201907001

摘要

该研究从NCBI网站下载油棕全基因组序列信息,从The Arabidopsis Information Resource(TAIR)数据库中下载得到拟南芥WRKY转录因子序列,并在油棕基因组数据库中进行BLAST同源序列比对分析,通过NCBI在线工具CDD和PFAM数据库进行蛋白结构与分析,剔除无WRKY结构域的系列,利用生物信息学方法对油棕WRKY转录因子进行分析及功能预测.结果表明:(1)从油棕基因组数据库中发掘WRKY转录因子95个,该WRKY转录因子蛋白质所编码氨基酸大小为116～1303 bp,95个均为亲水性蛋白,总体为不稳定蛋白(EgWRKY25和EgWRKY56除外),60个蛋白以α-螺旋为主要二级结构元件,35个以无规卷曲为主要二级结构元件.(2)保守结构域系统进化树结果表明,油棕WRKY转录因子家族蛋白主要分为三大类,即I、Ⅱ和Ⅲ类,其中I类分为I C、I N亚类,Ⅱ类分为Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc和Ⅱd亚类.(3)内含子和外显子结构显示,EgWRKY基因结构进化高度保守.以上结果为油棕WRKY转录因子的挖掘、功能分析及分子生物学研究奠定了基础,同时为分子育种和遗传改良提供了参考.