肥肝用骡鸭肝脏组织的转录组特征分析

• 作者: 张福君 李昂 王朝阳 白丁平 蓝立明 郑永干
• 来源期刊: 黑龙江畜牧兽医（上半月）
• 学科: 农学
• 关键词: RNA-Seq 骡鸭 肥肝 单核苷酸多态性 插入缺失标记 功能注释 通路分析
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 畜牧科学
• 页码范围: 58-62
• 页数: 5页
• 分类号: S813|S834+.8
• 语种: 中文
• DOI: 10.13881/j.cnki.hljxmsy.2019.03.0043

摘要

为了对肥肝用骡鸭肝脏组织RNA-Seq数据特征进行分析,试验利用Trinity等软件和Sam-tools等工具对肝脏组织转录组数据进行基因表达鉴定,并对表达的基因进行单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphisms,SNPs)、插入缺失标记(insertion-deletion,InDels)挖掘及功能分析.结果 表明:在表达基因内可筛选出197 965个SNPs位点和93 990个InDels位点,这些基因涉及分子功能、生物学过程以及细胞组分三大类别的广泛生物学功能,SNPs所在基因除了富集在脂肪、能量代谢相关通路上,更多富集在免疫和内分泌等相关通路上.说明利用骡鸭肝脏组织转录组数据进行特征分析,筛选并探究表达基因的SNPs和InDels特征及相关基因的功能,可用于鸭肥肝生产相关基因的多态性检测、鸭肥肝形成机理等研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李昂		65	391	10.0	15.0
2	蓝立明		3	1	1.0	1.0
3	白丁平		9	10	2.0	2.0
4	王朝阳		2	1	1.0	1.0
5	张福君		2	0	0.0	0.0
6	郑永干		1	0	0.0	0.0