基于加权基因共表达网络分析筛选结肠癌预后风险长链非编码RNA

• 作者: 丁家安 朱玉峰 杜晶晶 王树急 范敬炎 韩欣桐
• 来源期刊: 锦州医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: LINC01021 结肠癌 预后
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 1-6
• 页数: 6页
• 分类号: R735.3
• 字数: 3631字
• 语种: 中文

摘要

目的 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)探索与结肠癌预后有关的长链非编码RNA(LncRNA),并对下游靶基因进行生物信息学分析.方法 从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库网站下载人结肠癌RNA二代测序原始数据,利用R语言对测序数据进行处理,筛选差异表达基因.对差异表达基因进行WGCNA分析,进行基因模块的鉴定及结肠癌预后相关LncRNA的筛选.从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载独立数据集GSE39582、GSE20916和GSE41568对候选LncRNA进行验证.在LncACTdb2.0数据库中,对候选LncRNA下游靶基因进行功能及信号通路富集分析,以推测lncRNA的生物学功能.结果 分析TCGA中的结肠癌数据集共发现差异表达基因4227个,其中上调基因1899个,下调基因2328个.WGCNA将所有差异表达的基因分成12个模块.粉色模块(pink module)的特征值与结肠癌患者的总生存期具有较高的相关性(r=0.68,P=0.0001).LINC01021高表达的结肠癌患者的总体存活率更低(P=0.001),复发风险更高(P=0.001).LINC01021在结肠癌中表达水平高于正常结肠组织(P<0.01),在转移结肠癌中的表达水平高于原位结肠癌(P<0.01).LINC01021下游靶基因主要参与调节细胞周期,PI3K/AKT信号通路激活和CTNNB1磷酸化级联反应等.结论 高表达LINC01021的结肠癌患者预后差.LINC01021有可能成为一种新的预后指标.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	范敬炎		3	4	1.0	2.0
2	朱玉峰		8	0	0.0	0.0
3	韩欣桐		1	0	0.0	0.0
4	丁家安		1	0	0.0	0.0
5	王树急		1	0	0.0	0.0
6	杜晶晶		1	0	0.0	0.0