生物信息学分析长链非编码RNA在结肠癌中的调控网络

• 作者: 何思华 何金花 吕钰冰 李艳 韩泽平 黎毓光
• 来源期刊: 浙江医学
• 关键词: 生物信息学 长链非编码RNA 微小RNA 结肠癌 调控网络
• 年，卷（期）: 2020,（16）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1699-1705
• 页数: 7页
• 字数: 5163字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12056/j.issn.1006-2785.2020.42.16.2019-1346

摘要

目的 通过生物信息学方法了解长链非编码RNA(lncRNA)在结肠癌中的分子调控网络.方法 利用lncRNA疾病数据库预测并筛选得出与结肠癌相关的lncRNAs作为研究对象;运用Starbase v2.0软件预测与lncRNAs相互调控的miRNAs,并利用HMDD v2.0数据库筛选出与结肠癌相关的miRNAs.进一步利用Consite转录因子数据库分别预测出各lncRNA和miRNA的转录因子并各自取交集后筛选出与结肠癌相关的转录因子.运用miRwalk在线软件分别预测各miRNA的靶mRNA,用一致法筛选后得出共同靶基因,并绘制出lncRNA在结肠癌的分子调控网络图.结果 通过lncRNA疾病数据库查询得出与结肠癌相关性最高的前3个lncRNAs为H19、HOTAIR和MALAT1.在Starbase v2.0中预测得出上述3个lncRNAs的共同靶miRNAs为miR-17、miR-20a、miR-20b、miR-93、miR-106a、miR-106b、miR-519d.经HMDD v2.0查询证实与结肠癌相关的miRNAs共90个,与上述7个miRNAs取交集后得出miR-17、miR-20a、miR-106a和miR-106b与结肠癌相关.Consite预测得出3个lncRNAs的共同转录因子为E74A、ARNT、Thing1-E47、Hunchback、Snail;4个miRNAs的共同转录因子为Sox-5、FREAC-4、Sox-17、ARNT、Snail,两者共同转录因子取交集后证实与结肠癌相关的有ARNT、Snail、Sox-17.miRwalk软件预测这4个miRNAs的共同靶基因为HLF、SORL1、ZFYVE26、PFN2、PKD2、PKN2、PTPN4、RBL2、WEE1、FZD3、RGL1、MKRN1、C7orf43、NTN4、ZFP91等,其中PKD2、PKN2、WEE1、ZFP91参与结肠癌的发生、发展.所有基因形成调控环路,参与结肠癌的发生与发展.结论 运用生物学软件对结肠癌相关的lncRNAs分子调控网络进行分析,为进一步阐明结肠癌的分子发病机制,并为后续的实验研究提供线索.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	何思华	广州市番禺区中心医院检验科	9	18	3.0	4.0
2	韩泽平	广州市番禺区中心医院检验科	25	49	4.0	5.0
3	李艳	南方医科大学顺德医院科教科	29	171	7.0	11.0
4	黎毓光	广州市番禺区中心医院检验科	35	87	5.0	8.0
5	何金花	广州市番禺区中心医院检验科	32	77	5.0	7.0
6	吕钰冰	广州市番禺区中心医院检验科	8	6	2.0	2.0