牦牛lncFAM200B的克隆鉴定、表达及生物信息学分析

• 作者: 信金伟 姬秋梅 柴志欣 武志娟 王会 王吉坤 王嘉博 赵丽玲 钟金城
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 牦牛 lncFAM200B 克隆 组织表达 肌肉发育
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医
• 页码范围: 220-230
• 页数: 11页
• 分类号: S823.85|Q78
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.20191071

摘要

旨在克隆鉴定牦牛lncFAM200B,为探索其在牦牛肌肉和脂肪发育过程中的调控作用奠定基础.以臀肌cDNA为模板,设计特异性引物扩增lncFAM200B全长序列,用在线软件CPC、CPAT对该lncRNA的编码能力进行预测,进一步通过原核表达试验鉴定其编码能力;采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)对lncFAM200B进行组织表达分析,通过TargetScan 7.1和miRanda预测与lncFAM200B具有潜在相互作用miRNA的靶基因,利用DAVID在线软件对靶基因进行GO和KEGG分析.结果显示,牦牛lncFAM200B长度为531 bp;相较于普通牛多59 bp,编码潜能为-1.2874,且原核表达试验验证该lncRNA不具备蛋白编码能力,表明牦牛lncFAM200B确为lncRNA;组织表达谱研究表明,lncFAM200B在牦牛肺脏组织中表达量较高.与lncFAM200B具有潜在相互作用miRNA的靶基因,如Sirt1、SCD5、KLF9、PTEN和MYPN等,与肌肉和脂肪发育相关.为进一步探讨牦牛lncFAM200B在肌肉和脂肪发育中的生物学功能提供参考依据.