淅川乌骨鸡全基因组转座子的鉴定与分析

• 作者: 付亚伟 孙桂荣 康相涛 张晨曦 曹艳芳 李东华 李文婷 李转见
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 鸡 全基因组重测序 转座子 特征分析
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·资源昆虫
• 页码范围: 1491-1500
• 页数: 10页
• 字数: 5381字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2020.07.017

摘要

[目的]通过分析淅川乌骨鸡全基因组重测序数据,获取淅川乌骨鸡转座子的基本信息和特征分布,探究转座子相关基因参与的通路.不仅对研究淅川乌骨鸡转座子的生物学功能具有重要的意义,而且为探索基因组扩增、基因组功能及进化研究提供重要基础数据.[方法]对淅川乌骨鸡血液DNA进行全基因组重测序,采用双末端短序列比对基因组,运用RepeatModeler、TEclass、RepeatMasker等使用流程对转座子进行鉴定、构建、校正、分类和注释,获得淅川乌骨鸡整个基因组所有的转座子,对转座子的特征、分布及和基因的关系等方面进行分析.并对转座子插入的所有基因进行G0和KEGG数据库富集,分别结合GO和KEGG注释结果对功能进行描述.[结果]经鉴定、分类和注释,淅川乌骨鸡共鉴定到370 252个转座子序列,分为19个超家族,主要为CR1、TcMar-Mariner、ERVL、ERV1等超家族,进一步说明淅川乌骨鸡转座子类型主要是逆转录转座子;转座子的数目和染色体长度有关,染色体越长,转座子数目越多.在基因组中转座子和基因的密度成反比,基因密集的区域中转座子密度较低;基因组内转座子的插入并非随机的,LTR/ERVL、LTR/ERV1、DNA/PIF-Harbinger、DNA/Hat-Charlie、RC/Helitron等转座子倾向于插入基因外部.GO富集分析表明,在生物过程条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞过程、单生物过程、代谢过程、生物调节、刺激反应等;分子功能条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是结合、催化活性等;细胞组分条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞部分、细胞器、膜等.KEGG富集分析表明,鉴定出的转座子主要在甘油酯代谢、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗、Jak-STAT信号通路等通路.着重关注了与淅川乌骨鸡特性相关的通路,如和色素沉积有关的酪氨酸代谢、和肉品质有关的脂代谢、脂肪酸的合成、PI3K-Akt信号通路等.[结论]转座子含量与基因组大小,具有一定的正相关性,而且淅川乌骨鸡转座子在基因组的分布存在一定偏好性.转座子相关基因在色素相关通路中富集,其可能与淅川乌骨鸡的种质特性有关,具体的调控机制还有待进一步研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	康相涛	河南农业大学牧医工程学院	197	1360	17.0	27.0
2	孙桂荣	河南农业大学牧医工程学院	102	567	12.0	17.0
3	李东华	河南农业大学牧医工程学院	6	11	2.0	3.0
4	李转见	河南农业大学牧医工程学院	9	10	2.0	3.0
5	曹艳芳	河南农业大学牧医工程学院	2	0	0.0	0.0
6	张晨曦	河南农业大学牧医工程学院	2	0	0.0	0.0
7	付亚伟	河南农业大学牧医工程学院	2	3	1.0	1.0
8	李文婷	河南农业大学牧医工程学院	1	0	0.0	0.0