4种鲇基因组中Tc1/Mariner转座子的鉴定与演化

• 作者: 张耀光 彭作刚 胡竞文 赵连鹏 邵峰
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鲇 基因组 转座子 Tc1/Mariner 演化分析
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 页码范围: 539-550
• 页数: 12页
• 分类号: Q785|S917.4
• 字数: 7305字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20190111615

摘要

为了探讨Tc1/Mariner转座子在4种鲇(沟鲇、黑斑原、鲇和南方鲇)中的特征及在演化过程中的作用,实验使用de novo预测和同源预测两种方法鉴定了4种鲇基因组中的Tc1/Mariner转座子并进行演化分析.通过对所获得序列的统计及分类,结果显示,4种鲇基因组中Tc1/Mariner转座子的含量分别为9.46％、2.70％、7.83％和8.54％,并且分别被分为38、20、43和55个家族.基于转座酶催化区域的结构和系统发育分析的结果,4种鲇的Tc1/Mariner转座子总共可以分为5个不同的亚类群:DD34E(Tc1)、DD35E、DD36E、DD37E和DD35D(pogo).系统发育分析表明,多数支系中鲇和南方鲇的转座子聚为姐妹群.插入时间分析表明,Tc1/Mariner转座子的插入时间主要分布在0～5百万年前.大多数Tc1/Mariner转座子在0～1百万年前或2～3百万年前有一个突然的扩增.另外,4种鲇的Tc1/Mariner转座子大部分插入到基因的内含子中.本实验通过对4种鲇中Tc1/Mariner转座子的鉴定、比较与演化分析,为Tc1/Mariner转座子的深入研究奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张耀光	西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室	36	164	6.0	10.0
2	彭作刚	西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室	7	16	3.0	4.0
3	胡竞文	西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室	2	0	0.0	0.0
4	邵峰	西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室	2	0	0.0	0.0
5	赵连鹏	西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室	2	0	0.0	0.0