慢性阻塞性肺疾病肺泡巨噬细胞差异表达基因的生物信息学分析

• 作者: 王小乐 朱洁 童佳兵 吴凡 高雅婷 王心恒 李泽庚
• 来源期刊: 细胞与分子免疫学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 慢性阻塞性肺疾病(COPD) 肺泡巨噬细胞 差异表达基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（11）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 961-966
• 页数: 6页
• 分类号: Q811.4|R392.12|R563|Q344+.13
• 语种: 中文

摘要

目的 通过生物信息学技术分析慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者肺泡巨噬细胞(AM)差异表达基因(DEG)及其在COPD发病中的可能作用.方法 下载基因表达数据集(GEO)数据库中COPD患者AM研究芯片和测序数据,应用R软件中limma和Degseq2包获取差异表达基因,并通过基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析、蛋白质相互作用分析(PPI)及关键基因(hub基因)分析,预测DEG可能参与的分子生物学机制.结果 通过整合3个数据集,共获得AM的43个DEG,功能预测发现43个DEG主要与趋化因子、细胞因子、补体、细胞色素P450等相关,其主要涉及显著低表达的CXC趋化因子配体9(CXCL9)、CXCL11等及显著高表达的细胞色素P450家族1亚家族B成员1(CYP1B1).结论 COPD患者AM的DEG与免疫和炎症的分子机制相关,可能参与COPD慢性炎症的发病机制.