多花黄精转录组SSR位点分析及分子标记开发

• 作者: 叶碧欢 宋其岩 廖荣俊 李楠 李海波 杨阳 陈友吾
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 多花黄精 转录组 EST-SSR 分子标记 多态性
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 182-189
• 页数: 8页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2020.01.024

摘要

目的 基于转录组测序数据鉴别和分析多花黄精EST-SSR位点,开发可用于多花黄精种质资源评价与利用的SSR标记.方法 利用MISA工具从多花黄精转录组126544条Unigenes中鉴定SSR位点并进行分析;利用Primer 3.0设计SSR引物,随机选择50对SSR引物进行有效性验证.结果 从9982条Unigenes中鉴定出12317个包含2～6个核苷酸重复类型的SSR位点,SSR的分布频率为9.73％,发生频率为1/5.91 kb;SSR位点中的主导类型是二核苷酸重复,占总SSR的53.14％,其次是三核苷酸重复,占33.31％.SSR引物的有效性筛选显示,50个SSR引物对中有29个(58％)可从多花黄精中扩增出预期大小的SSR条带.SSR荧光标记的毛细管电泳检测显示在多花黄精的7个SSR位点共鉴定出了9种基因型,进一步验证了SSR引物的有效性.结论 多花黄精转录组SSR位点出现频率高,重复类型丰富,多态性较高,这将为多花黄精遗传多样性分析和遗传图谱构建提供大量有价值的候选标记,也可为黄精属内种间物种的分子鉴别、多花黄精优良品种的分子辅助育种提供技术手段.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李楠		18	106	6.0	9.0
2	陈友吾		53	330	9.0	16.0
3	李海波		35	323	7.0	17.0
4	叶碧欢		10	6	1.0	1.0
5	廖荣俊		2	1	1.0	1.0
6	杨阳		3	1	1.0	1.0
7	宋其岩		11	26	3.0	4.0