菠萝蜜茎叶全长转录组分析

• 作者: 于旭东 周丹 李佳佳 楚文清 潘敏 瞿倩 罗佳佳 蔡泽坪
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 菠萝蜜 全长转录组 功能注释
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 组学与生物技术
• 页码范围: 1288-1297
• 页数: 10页
• 分类号: S718.43
• 字数: 5712字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2020.07.002

摘要

菠萝蜜(Artocarpus heterophyllus)是热带地区重要的木本植物,具有较高的经济价值.试验以菠萝蜜正常及叶绿素合成缺失突变体幼苗为研究材料,在PacBio Sequel平台上进行茎叶全长转录组测序,最终得到95701个Isforms,在对转录本进行聚类纠错后利用NR、NT、GO、KOG、KEGG、Swiss-Prot、InterPro 7个数据库进行功能注释,共有93367个转录本被注释.七大数据库中分别有92187(NR)、90326(NT)、74548(Swiss-Prot)、75396(KEGG)、77022(KOG)、81906(InterPro)和65500(GO)个转录本获得功能注释.共检测到85091个CDS和55608个SSR序列,并预测到了4753个转录因子(Transcription Factors,TFs),1667个转录调控子(Transcriptional Regulators,TRs)以及4710个受体激酶(Receptor-like Kinases,RLKs).