香樟IDI基因克隆及表达分析

• 作者: 刘伟 张瑶瑶 曹先爽 王煜炜 王进
• 来源期刊: 分子植物育种
• 关键词: 香樟(Cinnamomum camphora (L.) Presl) 异戊烯基焦磷酸异构酶 基因克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 基因组学及功能基因
• 页码范围: 2520-2526
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13271/j.mpb.018.002520

摘要

为了克隆香樟异戊烯基焦磷酸异构酶(isopentenyl diphosphate isomerase,IDI)基因,并进行生物信息学分析,为香樟植物萜类化合物的生物合成研究提供基础.本研究以香樟植物为试样,在转录组测序数据的基础上设计引物,应用RT-PCR技术克隆香樟IDI基因,通过实时定量PCR方法检测IDI基因在香樟根、茎和叶中表达量,利用生物信息学方法对IDI基因编码的蛋白进行表征.结果 表明,香樟IDI基因长度868 bp,开放读码框(ORF)为708 bp,编码235个氨基酸,编码蛋白的分子量为27.04 kD,等电点为5.13,蛋白的二级序列结构主要为α-螺旋.经预测香樟IDI是一个定位于细胞质,不含信号肽的亲水性稳定蛋白,具有异戊烯基焦磷酸异构酶的特征结构域.系统进化树分析表明,香樟IDI与野生型马来西亚蕉的亲缘关系较近.实时定量PCR结果表明,IDI在香樟茎中的表达量高于根和叶.本研究成功从香樟中克隆了IDI基因并进行了表征分析,为深入研究香樟IDI基因在萜类合成中的功能提供帮助.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王进		37	531	11.0	22.0
2	刘伟		3	2	1.0	1.0
3	曹先爽		5	8	1.0	2.0
4	张瑶瑶		4	3	1.0	1.0
5	王煜炜		5	1	1.0	1.0