肝星状细胞差异表达基因的筛选及生物信息学分析

• 作者: 王丽萍 王志宇 董进中
• 来源期刊: 浙江医学
• 关键词: 肝星状细胞 肝纤维化 基因芯片 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（12）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1259-1263,后插1
• 页数: 6页
• 字数: 2874字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12056/j.issn.1006-2785.2020.42.12.2020-641

摘要

目的 对肝星状细胞(HSC)差异表达基因进行筛选及功能分析,为肝纤维化发病机制相关的分子标志物及药物靶点提供理论基础.方法 从高通量基因表达(GEO)数据库中选取GSE11954,利用GEO2R进行生物信息学分析,筛选差异表达基因,并利用DAVID对差异表达基因进行基因本体(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;通过STRING数据库和Cytoscape软件构建差异表达基因对应的蛋白质相互作用网络,利用MCC算法获取具有高度连接性的关键基因.结果 对HSC活化组与抑制组数据的差异表达基因进行筛选,共获得1 176个差异表达基因,包括上调基因616个、下调基因560个.差异表达基因主要涉及细胞外基质-受体相互作用,细胞周期、p53信号通路及黏着斑等信号通路,通过蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和Cytoscape软件筛选出10个具有高度连接性的关键基因,包括有丝分裂检查点丝氨酸/苏氨酸激酶B(BUB1B)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDKI)、细胞周期蛋白A2(CCNA2)、有丝分裂阻滞缺陷2样蛋白1(MAD2L1)、细胞周期蛋白B2(CCNB2)、有丝分裂检查点丝氨酸/苏氨酸激酶(BUB1)、细胞分裂周期蛋白8(CDCA8)、Aurora激酶B(AURKB)、Ndc80复合体(NUF2)、驱动蛋白家族成员2C(KIF2C).结论 HSC差异表达基因可能主要通过ECM受体相互作用通路、黏着斑信号通路、细胞周期通路、p53信号通路来调控肝纤维化的发生、发展.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王丽萍	宁波市第一医院感染内科	9	22	3.0	4.0
2	王志宇	宁波市第一医院重症医学科	11	10	1.0	2.0
3	董进中	宁波市第一医院重症医学科	2	0	0.0	0.0