基于生物信息学对胃癌预后基因的筛选

• 作者: 宋忠阳 张志明 李俊杰 李高勤 牛帆 祁亚峰 苏欢 雍文兴
• 来源期刊: 世界最新医学信息文摘（连续型电子期刊）
• 学科: 医学
• 关键词: 生物信息学分析 基因芯片 胃癌 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2020,（97）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 53-56
• 页数: 4页
• 分类号: R47
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-3141.2020.97.018

摘要

目的 通过生物信息学分析筛选胃癌预后相关基因并分析其潜在机制.方法 从人类肿瘤基因表达汇编(Gene Erpression Ominibus GEO)数据库下载三个胃癌样本数据集GSE19826、GSE54129和GSE79973.利用GEO2R在线工具和Venn作图软件筛选胃癌组织和正常胃组织差异表达基因(DEGs),利用DAVID数据库对DEGs做GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,接着利用STRING工具对这些DEGs构建蛋白质互作(PPI)网络,用分子复合物检测(MCODE)插件通过分析PPI网络筛选出核心基因,Kaplan-Meier Plotter在线生存数据库分析分析差异表达核心基因的总体生存率,GEPIA网站再次验证预后基因的有效性.结果 三个数据集中共有22个共表达基因,其中14个基因表达上调,8个基因表达下调.上调基因富集在胶原纤维组织、皮肤形态发生、蛋白质异三聚、细胞粘附,内皮细胞分化、蛋白质的细胞外基质、胶原三聚体、细胞外间隙、I型胶原三聚体、细胞表面等方面,细胞外基质结构组成方面,而8个下调基因无显著性富集;通过分子复合物检测(MCODE)插件分析PPI网络,筛选出5个上调基因.通过Kaplan-Meier在线生存数据库分析分析这些基因的总体生存率,我们发现5个基因中有4个基因的预后明显较差.通过GEPIA网站再次验证预后基因的有效性,在胃癌组织中发现4个基因全部高度表达.