基于高通量GBS-SNP标记的栽培燕麦六倍体起源研究

• 作者: 周萍萍 颜红海 彭远英
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 栽培六倍体燕麦 GBS测序 驯化 起源 SNP标记
• 年，卷（期）: 2021,（10）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 1604-1612
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2019.81091

摘要

栽培六倍体燕麦是世界重要粮食作物，理清其起源对燕麦种质资源的高效利用和保护具有重要意义。本研究利用GBS(genotyping by sequencing)对27份来自中国的大粒裸燕麦材料测序，结合先前发表的包括6个六倍体燕麦种在内的66份燕麦材料的GBS数据进行SNP挖掘。UNEAK管道挖掘共计得到MAF大于0.5，callrate大于0.95的SNP标记8902个。进一步剔除缺失值大于0.15的4个燕麦材料后，对其余89份材料进行PCA分析、STRUCTURE分析以及UPGMA聚类分析。结果表明，在野生种中，除A.sterilis外，大多数来自同一物种的材料聚为一类，不同物种间能够较好地分开，表明这些物种之间存在较强的遗传分化。聚类分析将供试材料分为分别代表野生种和栽培种的2支，表明野生种和栽培种之间存在明显的遗传差异;在栽培种中，A.sativa与A.byzantina具有较高的遗传多样性，分散在不同的类群中，二者未出现明显的遗传分化，具有较高的遗传同质性，A.sativassp.nuda与A.sativa亲缘关系较近，但存在一定的遗传分化，因此形成独立的类群。值得注意的是，来自野生种A.sterilis的材料被分在2个类群中，其中来自西南亚地区(伊朗-伊拉克-土耳其地区)的居群与A.sativa和A.byzantina聚在一起，揭示此地区的A.sterilis居群可能是A.sativa和A.byzantina的祖先种。野生种A.hybrida显示出与A.fatua较高的遗传同质性，因此将其作为A.fatua的亚种较为合理。本研究为栽培六倍体燕麦起源提供了理论依据。