陆地棉Nudix基因家族的全基因组鉴定及表达分析

• 作者: 窦玲玲 孙亚如 赵琴 田瑞洁 康洋洋 朱怡然 杨蕾蕾 王彩虹 冯宇 王文博 肖光辉
• 来源期刊: 棉花学报
• 关键词: 陆地棉 Nudix基因 系统进化 表达分析
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 研究与进展|RESEARCH REPORTS
• 页码范围: 112-123
• 页数: 12页
• 语种: 中文

摘要

[目的]Nudix是一类能够催化各种核苷二磷酸衍生物水解的酶,具有维持遗传物质稳定,响应逆境胁迫等生物学功能.本研究旨在对陆地棉Nudix基因进行全基因组分析,为深入研究Nudix基因家族参与棉纤维生长发育调控机制提供参考.[方法]通过生物信息学方法对陆地棉基因组(ZJU_v2.1)的Nudix基因进行全基因组鉴定,并系统分析Nudix基因家族成员的理化性质、序列特征、基因复制、系统进化和表达情况.[结果]从陆地棉基因组中共鉴定到76个GhNudix基因,经聚类分析将其分为7个亚组(CladeⅠ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ和Ⅶ).基因复制分析表明,片段重复是陆地棉GhNudix基因家族成员扩增的主要原因.转录组数据表明GhNudix基因的表达不但有组织特异性而且有时间特异性.其中在纤维发育的起始和伸长阶段高调表达的GhNudix基因主要分布在CladeⅠ和Ⅱ;且大部分CladeⅠ和Ⅱ亚组的GhNudix基因启动子含有响应生长素和赤霉素的顺式作用元件,由此推测CladeⅠ和Ⅱ亚组的GhNudix基因在陆地棉纤维的起始和伸长阶段发挥作用.[结论]陆地棉GhNudix基因家族的全基因组鉴定和分析,为后续研究其在棉纤维发育中的作用机制提供参考.