槲蕨属叶绿体基因组密码子偏好性分析

• 作者: 沈宗芳 陆添权 张志荣 蔡传涛 田波
• 来源期刊: 广西植物
• 学科: 生物学
• 关键词: 川滇槲蕨 栎叶槲蕨 槲蕨 叶绿体基因组 密码子偏好性
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传与育种
• 页码范围: 266-273
• 页数: 8页
• 分类号: Q943.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201904013

摘要

叶绿体基因组密码子偏好性使用模式往往影响基因表达效率,为促进药用植物叶绿体基因工程的发展,提高槲蕨药用品质,该研究以川滇槲蕨、栎叶槲蕨和槲蕨三个近缘药用植物为材料,使用CodonW、CUSP和SPSS等软件分析其叶绿体基因组编码基因密码子使用偏好性,筛选出三个物种的最优密码子.结果表明:川滇槲蕨、栎叶槲蕨和槲蕨叶绿体基因组的有效密码子数(ENC)范围分别为40.10～61、40.33～61和40.15～61,其密码子偏好性较弱;ndhE、rpl22、rpl14、rpl20、ccsA、rps4和rpl16编码基因的ENC值差异较大,表明近缘物种中,部分基因的密码子偏好性存在一定差异;三个物种编码基因的ENC频数集中于-0.1～0.1之间,说明槲蕨属基因密码子偏好性主要受到突变的影响.川滇槲蕨12个最优密码子有6个和栎叶槲蕨相同,分别是UCU、ACU、GCU、CAA、AAA和GAU;栎叶槲蕨10个最优密码子有2个和槲蕨相同,分别是UUA和AUU,而川滇槲蕨与槲蕨无相同的最优密码子.该研究结果可为槲蕨属药用植物基因工程中外源基因的改良及其表达奠定基础.