基于生物信息学筛选肺腺癌诊断与预后的关键基因

• 作者: 汪昕 周燕斌 陈思民 邱艳丽 王帅帅 邓佳婷
• 来源期刊: 中华诊断学电子杂志
• 关键词: 生物信息学 腺癌,肺 基因 诊断 预后
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 临床研究|Clinical Studies
• 页码范围: 114-120
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3877/cma.j.issn.2095-655X.2021.02.012

摘要

目的 探讨肺腺癌的潜在关键基因及其在诊断与预后方面的价值.方法 利用生物信息学方法 从开放基因芯片数据库获取肺腺癌表达的数据集(GSE10072,GSE32867,GSE43458),采用在线工具GEO2R筛选出在肺腺癌组织与正常组织中具有差异表达的基因.对筛选出的基因进行GO功能富集及KEGG信号通路分析,同时应用STRING数据库和Cytoscape软件构建相关基因编码的蛋白间相互作用网络图,并筛选出连接度较高的前8个基因,同时利用R语言分析肺腺癌中相关基因的表达情况,及其与预后、肿瘤微环境的关系.结果 从3个数据集筛选出存在差异表达的基因240个,取蛋白间相互作用连接度最高的前8个基因作为关键基因,GO功能富集分析结果 显示生物学过程主要富集在细胞黏附、耐药性等方面;细胞学成分主要位于细胞质、细胞膜、细胞外泌体等;分子功能主要与钙离子结合的过程相关,KEGG信号通路分析主要集中于PI3K/AKT/MAPK信号通路.8个关键基因在肺腺癌与正常组织中均呈差异表达(均P<0.05),其中,CDC20、TIMP1、CCNB2、KIAA0101、TOP2A高表达组的患者预后较低表达组的患者预后更差,均差异有统计学意义(均P<0.01).8个关键基因均在一定程度上影响其周围的免疫浸润,其中CCNB2(r=0.43)、CDC20(r=0.46)、GNG11(r=-0.11)、KIAA0101(r=0.32)、TIMP1(r=-0.10)、TOP2A(r=0.43)的表达水平与其肿瘤突变负荷均存在相关性(均P<0.05).结论 在肺腺癌患者中存在着差异表达的基因,部分关键基因可能参与了肺腺癌细胞发生、发展、转移侵袭、耐药等生物学相关功能,有望成为肺腺癌的个体化诊断、预后评估的潜在标志物.