欧洲山杨bHLH转录因子家族全基因组分析

• 作者: 沈方圆 王岚春 李校
• 来源期刊: 四川大学学报（自然科学版）
• 关键词: 欧洲山杨 bHL H 转录因子 全基因组分析
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 生物学|Biology
• 页码范围: 173-181
• 页数: 9页
• 分类号: Q943.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.19907/j.0490-6756.2021.036003

摘要

为了研究欧洲山杨中bHL H转录因子家族成员的分类和进化,分析其在干旱胁迫应激中可能行使的功能,本研究利用多种生物信息学手段从全基因组水平鉴定和解析欧洲山杨bHLH转录因子,并对干旱胁迫下的欧洲山杨根部转录组进行分析.结果显示,欧洲山杨的基因组中有167个bHLH转录因子家族蛋白.通过与拟南芥bHLH蛋白序列进行系统发育分析将其分为15个亚家族,并推测出39个PtbHL H的功能,这些功能表明bHL H转录因子家族涉及到欧洲山杨生长发育的多个生理过程.基因结构和motif分析显示,同一亚家族中几乎所有的PtbHLH都有相似的外显子/内含子排布和蛋白质motif结构.此外,利用RNA-seq数据分析干旱胁迫处理下PtbHLH基因的表达情况,筛选出4个潜在的bHLH抗旱蛋白.