基于苋菜转录组的ARF基因家族鉴定及表达

• 作者: 王乐 陈何 陈家兰 肖昉 郑友峰 刘生财
• 来源期刊: 应用与环境生物学报
• 关键词: 苋菜 生长素反应因子 基因家族 表达分析 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 167-176
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.19675/j.cnki.1006-687x.2020.01016

摘要

ARFs(auxin response factors)是重要的生长素响应因子,在植物的生长发育过程中起着关键的作用.基于'大红'苋菜转录组数据,通过在线分析软件SMART和NCBI-Blastp的注释筛选苋菜ARF基因家族成员(AtrARF);利用生物信息学分析软件,对AtrARFs蛋白的理化性质、二级结构、亚细胞定位、保守氨基酸序列进行预测分析;构建系统进化树,预测可能调控AtrARF的miRNAs.分析AtrARF在蓝光和黑暗处理下苋菜胚轴中,及在不同种类及浓度的生长素处理下苋菜幼苗中的表达水平.分析结果表明,在苋菜中共鉴定得到29个ARF基因,其编码蛋白的长度在80-1 107 aa之间,蛋白分子量约为8.850×103-123.300×103,等电点在4.09-9.92之间.亚细胞定位预测结果均定位于细胞核,有15个保守氨基酸序列;系统进化树显示,29个AtrARF分为3个大组;MiRNA预测结果显示,至少有5个AtrARF家族成员受到miRNA调控.定量结果显示,AtrARFs在蓝光和黑暗、不同种类及浓度的生长素处理下表达模式均不相同.本研究表明AtrARFs受光质和生长素调控,在苋菜生长发育过程中发挥重要作用.