基于转录组的剑麻ARF基因家族的鉴定及表达分析

• 作者: 侯晓婉 周文钊 张燕梅 李俊峰 杨子平 鹿志伟
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 剑麻 ARF 基因家族 转录组
• 年，卷（期）: 2019,（10）
• 所属期刊栏目: 热带植物基因组学与基因编辑专题
• 页码范围: 1972-1978
• 页数: 7页
• 分类号: S563.8
• 字数: 4168字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2019.10.09

摘要

生长素反应因子(Auxin Response Factors,ARFs)是植物特有的多基因转录因子家族,参与植物生长发育过程的调节.本研究基于转录组数据,通过生物信息学方法鉴定剑麻ARF基因家族成员,同时对其进行相关生物信息学分析.结果表明:在剑麻中共鉴定得到15个ARF基因,并依次命名为AhARF 1～15.其编码的蛋白质含有409～1011个氨基酸,分子量约为45.17～112.13 ku,等电点为5.17～9.34.亚细胞定位预测结果显示,13个AhARFs定位于细胞核,2个AhARFs定位于叶绿体.保守结构域分析结果表明,AhARFs基因家族有8个成员同时含有B3、ARF和Aux/IAA这3个相对保守的结构域,其他成员仅含有B3和ARF这2个结构域.进化树分析表明,剑麻AhARFs蛋白可分为5个亚家族.15个剑麻AhARFs基因在剑麻紫色卷叶病不同发病时期呈现不同的表达规律.本研究为进一步深入探索剑麻ARF基因家族的功能奠定了重要理论基础.