基于生物信息学筛选甲状腺癌关键基因和通路

• 作者: 谢晓利 袁春艳 浦文兰 杨媛媛 盛霞
• 来源期刊: 中南医学科学杂志
• 关键词: 甲状腺癌 生物信息学分析 关键基因 基因芯片
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 基础医学|BASIC MEDICNE
• 页码范围: 305-309
• 页数: 5页
• 分类号: R736.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.15972/j.cnki.43-1509/r.2021.03.012

摘要

目的 探讨甲状腺癌(TC)发生发展的潜在生物学功能,筛选TC的关键基因和通路.方法 从GEO数据库中下载3组基因芯片数据集,分析TC组织与正常组织差异表达基因(DEGs),利用多种在线分析软件对DEGs进行功能富集、通路分析、构建蛋白质互作网络、筛选关键基因,然后采用TCGA数据库对关键基因进行验证及生存分析.结果 3组数据集分析得出410个共同DEGs,其中159个基因上调,251个基因下调.DEGs与癌症中的蛋白聚糖、P53信号通路、ECM-受体相互作用、细胞周期等信号通路有密切关系.筛选出14个关键基因,分别是CCNB2、FN1、MMP9、TIMP1、CXCL8、VCAN、EVA1A、LGALS1、KIF15、KIF20A、KIF4A、TOP2A、JUN和SDC2,其中MMP9、SDC2、KIF15和VCAN影响患者生存率,提示可以作为TC的潜在预后标志物.结论 利用生物信息学方法筛选出14个关键基因和通路,可能有助于甲状腺癌的早期分子诊断与基因靶向治疗.