RseA基因影响耻垢分枝杆菌药物敏感性的生物信息学分析与初步验证

• 作者: 熊雨菡 李智颖 卢楠 陈俊伊 唐佳玲 徐蕾 杨春 何永林
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 关键词: RseA 转录组测序 耻垢分枝杆菌 生物信息学 药物敏感性
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 实验研究|Experimental Studies
• 页码范围: 115-121,127
• 页数: 8页
• 分类号: R378.91|Q93
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2020.00.143

摘要

目的 筛选RseA在耻垢分枝杆菌中可能调控药物敏感性的基因或通路,并进行初步验证.方法 利用分子克隆技术构建RseA基因过表达耻垢分枝杆菌组和空质粒对照组;利用转录组测序技术和生物信息学方法筛选2组细菌间的差异表达基因(DEGs),分析其基因本体论(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集情况;并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络.利用结核分枝杆菌复苏促进因子E(RpfE)促使非复制持留菌复苏,测定复苏指数(RI)对筛选出的关键靶向基因或通路进行初步验证.结果 RseA基因过表达后,筛选出2 403个DEGs,其中2 335个表达上调,68个表达下调.GO分析结果表明,DEGs主要参与氮化合物代谢过程的调控、RNA代谢过程的调控、转录因子活性和序列特异性DNA结合过程调控等.KEGG分析结果显示,DEGs主要参与萜类骨架的生物合成、果糖和甘露糖代谢和同源重组等通路.从PPI网络MCODE模块中筛选出前8个hub基因rpsG、rplM、rpsO、rpsT、rpmH、rplS、rpsJ、rplT,并从这些基因的分析结果得知,其主要参与了核糖体通路.使用RpfE促进复苏后,RseA组复苏指数明显低于对照组.结论 RseA调控了多个靶向基因,参与核糖体的结构组成和核糖体通路,增强耻垢分枝杆菌对抗结核药物的敏感性,为进一步的机制研究奠定了基础.