大豆抗逆相关基因GmERF10克隆及生物信息学分析

• 作者: 薄晓雪 吴楠 王楠 孟祥鹏 曲静 刘思言 王丕武
• 来源期刊: 吉林农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆 ERF GmERF10 克隆 生物信息学 功能预测
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文|Research Paper
• 页码范围: 524-529
• 页数: 6页
• 分类号: S565.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.13327/j.jjlau.2021.4951

摘要

为分离克隆大豆抗旱功能重要基因,前期运用RNA-Seq技术对M18苗期根系转录组进行了分析,筛选与苗期大豆根系生长发育相关的显著差异表达基因,选取差异较大的基因进行克隆,提取M18叶片基因组,设计引物,得到目标片段,命名为GmERF10.为了解GmERF10的结构和功能特点,利用生物信息学工具和软件对GmERF10的理化性质和蛋白质结构等进行了系统分析,并探讨了同物种及不同物种间乙烯应答转录因子(ERF)基因的亲缘关系.结果表明:GmERF10为不具有信号肽和跨膜结构域的亲水性蛋白.GmERF10含有38个潜在磷酸化位点.GmERF10蛋白的二级结构主要以α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲组成.GmERF10亚细胞主要定位于细胞核中,结构域为AP2/ERF结构域,预测其功能为乙烯应答转录因子(ERF),主要通过结合GCC顺式作用元件来调节抗性基因的表达.