镰翅羊耳蒜叶绿体基因组密码子偏好性分析

• 作者: 刘江枫
• 来源期刊: 福建农业学报
• 关键词: 镰翅羊耳蒜 叶绿体基因组 密码子偏好性
• 年，卷（期）: 2021,（6）
• 所属期刊栏目: 园艺科学|Horticultural Science
• 页码范围: 629-635
• 页数: 7页
• 分类号: S567.23+9
• 语种: 中文
• DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2021.06.002

摘要

[目的]分析镰翅羊耳蒜叶绿体基因组密码子偏好性,并探讨影响密码子偏好性形成的主要因素.[方法]从镰翅羊耳蒜叶绿体基因组中筛选出47条编码序列,通过CodonW和CUSP软件计算不同基因的GC含量,分析密码子使用模式.[结果]GC3含量为27.99％,低于GC1(47.00％)和GC2(39.41％);ENC取值范围为40.85～56.80,平均值为47.27;ENC与GC1、GC2之间均无显著相关,与GC3呈极显著正相关;GC12与GC3的相关性不显著,相关系数为0.05;47％基因的ENC比值频数分布在-0.05～0.05区间,53％基因的ENC比值频数分布在-0.05～0.05区间之外;碱基的使用频率为A>T、G>C;17个密码子被确定为最优密码子.[结论]镰翅羊耳蒜叶绿体基因组密码子对A或T碱基结尾有偏好性;密码子偏好性较弱;密码子偏好性主要受选择和突变作用共同影响,同时还受其他因素影响,是多因素综合影响的结果.