芳樟叶片转录组测序及萜类合成调控相关基因表达分析

• 作者: 曹瑞兰 胡冬南 周增亮 刘爽 陈尚钘 刘娟
• 来源期刊: 西南林业大学学报
• 关键词: 芳樟 基因 注释 转录组分析 表达分析 SSR标记
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 特约稿件|Special Manuscript
• 页码范围: 49-57
• 页数: 9页
• 分类号: S792.23
• 语种: 中文
• DOI: 10.11929/j.swfu.202007036

摘要

通过Illumina HiSeqTM 2000高通量测序技术对芳樟和杂樟(对照)叶片进行转录组学测序分析,并对所涉及的Unigene在GO、Nr、Nt、Pfam、KOG、Swiss?prot和KEGG中进行分类、功能注释和Pathway注释.结果表明:2类樟树叶片转录组检测共产生34.45 GB clean数据,组装了312457个Unigene.其中,11685个Unigenes鉴定为芳樟叶和杂樟叶的差异表达基因,在芳樟中6481个被鉴定为上调的Unigenes和5204个为下调Unigenes;对其进行GO功能富集发现并鉴定了编码萜类合成酶Unigenes 39个,包括单萜生物合成6个,二萜生物合成7个,倍半萜和三萜生物合成12个,萜类骨架合成14个.对萜类合成酶TPS14基因进行转录组FPKM和q?PCR验证发现,其表达量在芳樟中较杂樟更低,可能与其转录过程的选择性剪切有关.通过SSR位点分析,从88016个Unigene中共检测到134851个SSR位点,其中单个SSR位点有103478个Unigene,含2个及2个以上SSR位点有31373个Unigene.