牦牛MBL2基因3'-UTR区抗菌相关SNPs的筛选

• 作者: 温东旭 陈建春 王一飞 徐业芬 索朗斯珠 牛家强 赵霞玲
• 来源期刊: 中国兽医科学
• 关键词: 牦牛 MBL2 单核苷酸多态性(SNP) 多杀性巴氏杆菌 布氏杆菌 miRNA
• 年，卷（期）: 2021,（7）
• 所属期刊栏目: 预防兽医学
• 页码范围: 898-907
• 页数: 10页
• 分类号: S852.659.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.16656/j.issn.1673-4696.2021.0136

摘要

为了筛选牦牛MBL2基因3'-UTR区与抗菌有关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),本研究通过扩增青藏高原521头牦牛血液中MBL2基因3'-UTR区,并分别进行测序,利用DNAMAN 8.0、CHROMAS 2.6.6和Haploview软件对序列进行SNPs预测和连锁不平衡分析,使用ELISA检测试剂盒分别检测血清中多杀巴氏杆菌和布氏杆菌抗体D450 值,利用SPSS分析SNPs与多杀性巴氏杆菌和布氏杆菌血清抗体D450值的相关性,并通过miRWalk和RNA 22数据库对靶向牦牛MBL2基因3'-UTR区的miRNAs进行预测筛选.结果显示,牦牛MBL2基因3'-UTR区SNP大小为861 bp,预测存在A997C、T1295C、A1473T、C1511T 和 C1540T 共5个 SNPs,其中 A997C 和 T1295C、A1473T 和 C1540T 位点强连锁不平衡,A997C/T1295C位点CC/CC基因型与多杀性巴氏杆菌抗体D450 值的相关性显著高于AA/TT基因型和AC/TC基因型(P＜0.05);共预测到223个靶向牦牛MBL2基因3'-UTR区的miRNAs,其中12个miRNAs分别靶向T1295C、A1473T、C1511T 和 C1540T 位点.结论,牦牛 MBL2基因3'-UTR 区 A997C/T1295C 位点多态性可能与牦牛抗多杀性巴氏杆菌性状具有相关性,12个miRNAs可能通过靶向T1295C、A1473T、C1511T和C1540T位点参与牦牛MBL表达水平调节.